En effet, plusieurs documents et témoignages historiques, dont ceux attribués à l’ancien président français François Mitterrand, avancent une autre thèse, pointant plutôt la responsabilité d’extrémistes hutu opposés au processus de paix engagé à l’époque.

L’avion transportant les présidents Juvénal Habyarimana du Rwanda et Cyprien Ntaryamira du Burundi a été abattu dans la soirée du 6 avril 1994 alors qu’ils revenaient d’un sommet régional tenu à Arusha, en Tanzanie.

Au moment de l’attentat, les Accords d’Arusha étaient en cours de mise en œuvre, le FPR ayant déjà déployé 600 soldats au Conseil national de développement (CND) pour assurer la sécurité de ses responsables politiques appelés à intégrer les institutions de transition prévues par ces accords.

Le processus visait notamment la formation d’un gouvernement de transition à base élargie, l’intégration du FPR au sein des institutions étatiques ainsi que la fusion des anciennes Forces armées rwandaises (Ex-FAR) et de l’Armée patriotique rwandaise (RPA).

Cependant, l’assassinat de Juvénal Habyarimana a été immédiatement suivi par le déclenchement du génocide perpétré contre les Tutsi, qui a fait plus d’un million de victimes en l’espace de seulement cent jours.

Réuni le 22 juin 1994, le Conseil des ministres français a longuement examiné la situation au Rwanda. Selon les archives de cette réunion, François Mitterrand considérait Habyarimana comme un acteur central du processus politique qui avait été engagé. Tout en reconnaissant les avancées des négociations d’Arusha, il estimait que les auteurs de l’attentat étaient probablement des extrémistes hutu hostiles au partage du pouvoir avec le FPR.

« Les accords conclus semblaient satisfaire les Tutsi, qui paraissaient déjà en voie d’accéder au pouvoir. Dès lors, l’assassinat du président pourrait avoir été commis par des extrémistes hutu », aurait déclaré le président français.

Cette hypothèse est également évoquée dans un rapport confidentiel de la CIA, selon lequel l’attentat aurait été organisé par des militaires extrémistes proches du pouvoir, notamment au sein de la garde présidentielle. Le document fait état de la présence d’armes antiaériennes et de missiles susceptibles d’avoir été utilisés lors de l’opération.

Dans son ouvrage "Stepp’d in Blood: Akazu and The Architects of the Rwandan Genocide Against The Tutsi", le journaliste d’investigation britannique Andrew Wallis soutient que plusieurs membres de l’Akazu, le cercle restreint gravitant autour du président Habyarimana, craignaient de perdre leur influence politique à la suite de la mise en place du gouvernement de transition prévu par les Accords d’Arusha.

Selon l’auteur, quelques jours avant sa mort, Habyarimana avait donné des instructions en vue de la formation d’un nouveau gouvernement plus inclusif. Cette perspective aurait suscité de fortes tensions au sein des milieux les plus radicaux du régime.

Par ailleurs, alors que François Mitterrand affirmait que les forces françaises présentes au Rwanda devaient se limiter à des missions de protection des populations civiles, plusieurs études et témoignages publiés au fil des années ont mis en lumière le rôle controversé joué par certains militaires français durant cette période.

L’Opération Turquoise, déployée par la France à partir de juin 1994 avec environ 2 500 soldats dans le sud-ouest du Rwanda, demeure également au centre de débats historiques. Plusieurs chercheurs et organisations estiment que cette intervention a facilité la fuite vers le Zaïre, aujourd’hui République démocratique du Congo, de militaires et de miliciens impliqués dans le génocide contre les Tutsi.

Plus de trente ans après les faits, les circonstances exactes de l’attentat du 6 avril 1994 continuent d’alimenter les recherches historiques. Néanmoins, de nombreux documents et analyses convergent vers la thèse d’une implication d’extrémistes hutu opposés à l’application des Accords d’Arusha et au partage du pouvoir avec le FPR.