Selon l'agence sanitaire, plus de 1 200 décès de toutes causes confondues ont été enregistrés pour la journée du 24 juin, tandis que plus de 1 400 décès quotidiens ont été recensés les 25 et 26 juin. Les données du 26 juin ne sont toutefois pas consolidées. A titre de comparaison, environ 900 à 1 000 décès par jour étaient observés en avril et en mai.

Ces derniers jours, l'augmentation des décès a été plus marquée dans les régions en vigilance rouge. Cette hausse concerne toutes les classes d'âge, néanmoins, 85% des décès observés concernent des personnes âgées de 65 ans et plus. S'agissant des lieux de décès, une augmentation a été observée en établissement hospitalier, en EHPAD et à domicile. Depuis le 24 juin, l'augmentation des décès à domicile est particulièrement marquée, de l'ordre de 40%, tout particulièrement en Ile-de-France.

Santé publique France a souligné que cette surveillance réactive des décès reposait sur la remontée des certificats électroniques de décès et qu'elle n'était pas exhaustive. Les données actuelles pourraient donc sous-estimer le nombre réel de décès.