Son départ intervient en revanche dans un contexte marqué par une prise de position de plus en plus critique à l’égard de certaines politiques des autorités burundaises, notamment sur la question de la discrimination ethnique.

Âgé de 47 ans, Ngoga a annoncé sa décision dans un message publié sur X le 8 septembre 2026, avant de le supprimer. « J’ai décidé de démissionner de la Commission de l’Union africaine après 17 ans de service », avait-il écrit, sans expliquer les raisons de son départ.

Avant sa démission, il occupait le poste de conseiller principal chargé des partenariats internationaux au sein du Programme de l’UA sur les frontières et les mécanismes régionaux de sécurité, relevant du Département des affaires politiques, de la paix et de la sécurité. Il avait auparavant dirigé la Division de la prévention des conflits et de l’alerte précoce de la Commission de l’UA. Il avait également travaillé au sein de la Mission de l’UA en Somalie, notamment sur des questions liées à la lutte contre le terrorisme.

Ces derniers mois, Fred Ngoga s’était particulièrement illustré par ses prises de position sur la situation politique et sociale au Burundi.

Dans une publication sur X datée du 27 mai 2026, il déplorait notamment le maintien de la discrimination contre les communautés tutsies au Burundi, jugeant nécessaire de reconnaître cette réalité pour favoriser la justice, la réconciliation et l’égalité de dignité entre tous.

Dans une interview publiée en juin, il défendait entre autres la nécessité de mesurer objectivement la représentation des différentes communautés dans les institutions burundaises. Il rejetait également l’idée selon laquelle ses prises de position viseraient à restaurer une quelconque domination politique des Tutsi, affirmant qu’il défendait plutôt « l’égalité des citoyens » et l’accès de tous à la vie nationale sans discrimination fondée sur l’ethnie, l’affiliation politique ou l’origine.

Après 17 années consacrées aux questions de paix, de sécurité, de prévention des conflits et de coopération au sein de l’UA, Ngoga n’a toutefois pas établi de lien direct entre ces différends et sa décision de quitter la Commission de l’UA.