Avant cette période, Akayesu était connu comme enseignant, inspecteur de l’enseignement et responsable politique local. Membre du Mouvement démocratique républicain (MDR), il avait été nommé bourgmestre de Taba en 1993. Il était ainsi l'une des principales autorités administratives de la commune lorsque les massacres ont commencé en avril 1994.

Au début du génocide contre les Tutsi, Taba fut confrontée aux mêmes violences qui se propageaient dans plusieurs régions du Rwanda et à travers tout le pays, alors que des Tutsi cherchaient refuge dans différents endroits de la commune, notamment autour des bâtiments administratifs.

Le nom d'Akayesu est progressivement apparu dans les récits concernant les événements de cette période. Il lui a notamment été reproché d'avoir encouragé des habitants à rechercher des personnes présentées comme des « complices » du FPR, alors que cette accusation pouvait exposer les personnes visées à de graves violences.

Des réunions publiques auxquelles il aurait participé sont également devenues des épisodes importants de son histoire, au cours desquelles certaines personnes étaient désignées comme ennemies ou complices et la population appelée à agir contre elles.

Son comportement aurait aussi changé au cours du génocide contre les Tutsi. Alors qu'il aurait initialement tenté de maintenir l'ordre dans sa commune, il a ensuite été accusé d'avoir collaboré avec ceux qui participaient aux massacres.

L’un des épisodes les plus marquants concerne des Tutsi qui, après avoir trouvé refuge auprès des autorités communales dans l’espoir d’être protégés, ont finalement été victimes de violences, Akayesu étant notamment accusé d’avoir fait arrêter certaines personnes, de les avoir remises à des groupes armés et d’avoir facilité leur mise à mort.

Alors que des femmes ayant trouvé refuge dans la commune étaient agressées par des hommes armés, Akayesu a été accusé d’avoir eu connaissance de ces violences sans prendre les mesures nécessaires pour les empêcher et, dans certaines circonstances, d’avoir encouragé ou facilité les actes commis contre les victimes, y compris dans des lieux où elles auraient dû être protégées.

Dans le cadre de son procès, la justice internationale a en outre établi pour la première fois au niveau international que le viol et les violences sexuelles pouvaient constituer des actes de génocide lorsqu'ils étaient utilisés dans l'intention de détruire un groupe.

Après le génocide perpétré contre les Tutsi, Akayesu quitta le Rwanda. Il sera finalement arrêté en Zambie en 1996, puis transféré à Arusha, où le TPIR avait été créé par le Conseil de sécurité des Nations unies pour juger les principaux responsables de ce génocide.

Après plus d’un an de procès, le TPIR a rendu son verdict le 2 septembre 1998, reconnaissant Akayesu coupable de neuf des quinze chefs d’accusation, notamment de génocide, d’incitation directe et publique à commettre le génocide, de meurtres, d’extermination, de torture, de viol et d’autres crimes contre l’humanité.

Un mois plus tard, le 2 octobre 1998, Akayesu fut condamné à la prison à vie, une peine confirmée en appel en 2001 après le réexamen de son affaire.